MI Husnul Khatimah berdiri sejak tahun 1983. Mulanya menempatik kelas sangat sederhana dan terdiri hanya 4 ruang kelas kecil, tahun keempat ruang kelas bertambah hingga menjadi 6 ruang kelas, hanya saja lantai yang digunakan masih tanah dan berdebu.
Alhamdulillah lambat laun MI Husnul Khatimah semakin baik dan meningkatkan peranannya dalam dunia pendidikan. Di tahun 2008 teras gedung roboh, namun berkat kerjasama yayasan dan masyarakat serta adanya bantuan rehab ruang kelas dari Kemenag tahun 2009 gedung MI Husnul Khatimah berdiri kokoh.
Berdirinya MI Husnul Khatimah mutlak diperlukan mengingat kondisi geografis yang terpencil di sebuah desa perbatasan antara Kota Semarang dengan Kabupaten Semarang, dalam upaya meningkatkan sumber daya manusia yang berilmu, beriman, dan berakhlaqul karimah serta mendukung program bebas tiga buta pada saat itu.
